只要Windows正在使用，用户启动Windows并运行程序管理器即可自动启动。程序管理器启动时，会在其主窗口中显示一个或多个窗口。每个窗口包含与逻辑相关的基于Windows的应用程序相对应的图标。例如，“配件”窗口包含Windows写入，画笔，记事本和其他附件应用程序的图标。
程序管理器将初始化和配置信息存储在注册表中。该信息存储在注册表的以下部分中的设置，组和限制键下：
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\WindowsNT\
CurrentVersion \\\\程序管理器
附加信息存储在注册表的以下部分的节目组键中：
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE
